L’area su cui si estende il sito di Morgantina, molto vasta, è compresa tra le  contrade  Cittadella, Sella Orlando, San Francesco, Agnese e Drago. Le sue origini si perdono nelle notte dei tempi, gli scavi archeologici vi hanno documentato insediamenti a partire da XIX sec a.C.
Nell’XI sec  è documentato, sulla collina della Cittadella, il primo insediamento di popolazioni di origine italica, i Morgeti, che daranno il nome alla futura città. I Siculi Morgeti hanno lasciato ampia traccia di sé anche dopo l’arrivo  dei Greci che, tra il settimo e il sesto secolo, fondano sulla Cittadella una piccola città, di cui resta l‘agorà, le tracce del tempio sull’acropoli e una vasta necropoli.
Sarà distrutta nel 459 a. C. da Ducezio, il capo siculo che si era posto alla guida del movimento indipendentistico del suo popolo.
Ricostruita  nell’antistante pianoro di Serra Orlando, Morgantina raggiunge il massimo splendore tra il quarto secolo a.C. e la prima metà del terzo.
Pur dipendendo da Siracusa, a cui paga la decima, è una città molto ricca, come dimostrano i due grandi granai presso l’agorà e la capacità di battere moneta propria. E’ l’epoca in cui acquisisce l’attuale impianto   urbanistico e la gran parte degli edifici pubblici, compresa la magnifica scalinata trapezoidale, utilizzata come Ekklesiasteron, e  il Teatro.
Il sopraggiungere della potenza romana e le alterne vicende e alleanze nelle guerre puniche  porteranno alla conquista romana, nel 211 a.C., e alla decadenza della polis, che viene affidata dai Romani ai  mercenari spagnoli di Moerico. La città è ridimensionata, le ricche case abbandonate, gli edifici pubblici ridotti a tabernae e officine per vasai; ma la sua ricchezza e vitalità economica è ancora  testimoniata dall’unico edificio costruito ex novo in quest’epoca: il Macellum, una sorta di mercato coperto dalla caratteristica struttura squadrata, con tholos centrale. La città è ormai destinata ad un lento ed irreversibile declino. Viene definitivamente abbandonata all’inizio dell’era cristiana. Sepolta dal tempo e dalla storia, non intaccata da ulteriori sovrapposizione, si è manifestata nella sua interezza e magnificenza agli archeologi e ai moderni visitatori.